1-4- نشانگرهای مورد استفاده در تجزیه QTL. 33

1-4-1- نشانگر‌های ژنتیكی. 33

1-4-1-1- نشانگر‌های مورفولوژیكی. 33

1-4-1-2- نشانگرهای مولكولی. 34

الف – نشانگر‌های بیوشیمیایی. 34

ب- نشانگر‌های DNA. 35

1-5- نشانگرهای SSR. 37

1-5-1- مزایا و خصوصیات نشانگرهای SSR. 38

1-5-2-كاربرد‌های ماركر SSR. 39

1-6- نشانگرهای مبتنی بر ژن‌های كاندید. 39

نقشه­های پیوستگی ژنتیکی. 40

1-8- تجزیه ژنتیکی صفات کمی. 41

1-9- اصول مکان­یابی QTL. 41

1-9-1- جمعیت­های در حال تفرق 41

1-9-2 مقایسه انواع مختلف جمعیت­های نقشه­یابی. 43

1-9-3- روش­های آماری برای مکان­یابی QTL. 45

الف- روش­های مبتنی بر صفت.. 45

ب- روش های مبتنی بر نشانگر. 46

1-10- روش تجزیه تک نشانگری. 46

1-11- روش نقشه­یابی فاصله­ای. 46

1-12- نقشه­یابی فاصله­ای مركب 47

1-13- نرم­افزارهای مورد استفاده در تجزیه QTL. 51

1-14- انتخاب به کمک نشانگر. 53

1-15- تنوع هاپلوتیپی. 54

فصل دوم

2-1- تهیه نمونه­های گیاهی. 56

2-2- ارزیابی فنوتیپی جمعیت اینبرد نوترکیب.. 56

2-3- ارزیابی فنوتیپی ارقام ایرانی. 58

2-4- استخراج  DNAژنومی. 59

2-4-1- تعیین كمیت و كیفیت DNA. 60

2-4-1-الف- روش اسپكتروفتومتری. 60

2-4-1-ب- روش الكتروفورز ژل آگاروز 61

2-5- ریزماهواره­ها 61

2-6- محتویات و برنامه واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR) 63

2-7- تهیه ژل پلی­اکریل­آمید. 64

2-8- الکتروفورز و رنگ­آمیزی. 65

2-9- تجزیه آماری داده‌ها 65

2-9-1- بررسی تنوع ژنتیکی ارقام ایرانی. 65

2-9-2- ترسیم نقشه یابی ژنتیکی و مکان یابی QTLها 67

فصل سوم

3-1- مکان­یابی ژن­های کنترل­ کننده تحمل به شوری در جمعیت اینبرد نوترکیب برنج. 69

3-1-1- ارزیابی فنوتیپی جمعیت اینبرد نوترکیب.. 69

3-1-2- ترسیم نقشه پیوستگی. 73

3-1-3- نتایج تجزیه تک نشانگری. 74

3-1-4- نتایج مکان­یابی فاصله­ای مرکب.. 75

3-2- بررسی تنوع هاپلوتایپی ناحیه Saltol و ناحیه پایین آن در ارقام برنج ایرانی. 79

3-2-1- ارزیابی تنوع فنوتیپی ارقام برنج ایرانی. 79

3-2-2- ارزیابی ارقام برنج ایرانی با بهره گرفتن از شاخص­های تحمل به شوری. 87

3-2-3- بررسی تنوع هاپلوتایپی ناحیه کروموزومی Saltol ارقام برنج ایرانی. 91

پیشنهادات.. 95

منابع و م‍‍آخذ: 96

1-1- مقدمه و اهداف

طبق آخرین پیش­بینی‌های سازمان ملل متحد، جمعیت جهان تا سال 2025 به 8 میلیارد نفر و تا سال 2050 به 9/8 میلیارد نفر خواهد رسید. سالانه حدود 80 میلیون نفر به جمعیت جهان افزوده می­شود و97 درصد افزایش جمعیت در کشورهای در حال توسعه می­باشد. بنابراین تا سال 2025 نیاز به تولید غذا دو برابر

این مطلب را هم بخوانید :

پایان نامه سنجش کیفیت زندگی:

 خواهد شد. این پدیده منجر به افزایش فشار به محیط زیست می­گردد و امنیت غذایی کشورهای در حال توسعه بیش از سایر کشورها تحت تأثیر قرار می­گیرد. تنش­های غیرزنده عامل مهم کاهش 71 درصدی عملکرد محصولات زراعی در سطح جهان بوده که برای تنش خشکی 17 درصد، شوری 20 درصد، دمای بالا 40 درصد، دمای پایین 15 درصد و سایر عوامل 8 درصد تخمین زده شده است (کافی، 2009).

به منظور افزایش بهره­وری در کشور ایران نیز باید به بخش کشاورزی به عنوان یکی از بخش­های مهم و عمده فعالیت اقتصادی در کشور توجه داشت. زیرا این بخش در حال حاضر حدود 15 درصد از تولید ناخالص داخلی، 21 درصد از اشتغال و 22 درصد از صادرات غیر نفتی کشور را به خود اختصاص می دهد. همچنین طبق گزارش شبکه خبری صنایع غذایی ایران در سال 1386، حدود 80 درصد عرضه مواد غذایی و 90 درصد نیازهای واحدهای صنایع تبدیلی را طی دهه اخیر تأمین كرده است (تهامی­پور و شاه­مرادی، 1386). در این راستا بهره­ گیری از منابع حاشیه­ای و غیر متعارف، از جمله منابع آب و خاک شور در دستور کار اغلب کشورهای جهان که دارای این منابع عظیم بوده قرار گرفته است. پیشرفت­ها و توسعه فن­آوری­های مختلف در امور کشاورزی می ­تواند بهره­وری از این منابع محدود را بهبود بخشد (فلاورز، 2004).

شوری یکی از چالش­های مهم جهت تولید محصولات زراعی به ویژه در کشورهایی است که کشاورزی از طریق آبیاری انجام می­گیرد (کافی، 2009). نزدیک به یک سوم زمین‌های تحت آبیاری جهان شور است و خاک­های تحت تأثیر شوری حدوداً 106×950-400 هکتار تخمین زده می‌شوند که این میزان به دلیل کمبود آب­های شیرین و استفاده از آب­های با کیفیت پایین، همواره در حال افزایش است (شانون، 1984 و فلاورز، 2004). در واقع پنج درصد اراضی زراعی دنیا و نود درصد شالیزارهای دنیا به­نوعی تحت تاثیر شوری هستند (فلاورز و همکاران، 1986) که بیشتر آن در آسیا است (اکبر و همکاران، 1986).

ایران از جمله کشورهایی است که در بسیاری از نقاط آن مشکل شوری و عدم زه­کشی مناسب اراضی دیده می­شود. تقریباً 15 درصد سطح اراضی ایران با 25 میلیون هکتار تحت تأثیر نمک با درجات مختلف قرار گرفته است (پذیرا و صادق زاده، 1998). بخش اعظم خاک­های شور کشور و خصوصاً اراضی تحت کشت برنج، دارای غلظت بالایی از نمک­های محلول مثل سدیم و پتاسیم هستند (فتوکیان، 1384). این امر می ­تواند کشت بسیاری از محصولات زراعی را محدود کند و با توجه به مشکلات ذکر شده کمبود مواد غذایی و انرژی و نیز این­که فقط 20 گونه زراعی، بخش عمده انرژی مورد نیاز دنیا را تأمین می­ کند و 50 درصد این نیاز نیز از 8 گونه از غلات تأمین می­شود لذا، توجه به افزایش تولید غلات خصوصاً گندم و برنج که بیش از یک سوم زمین­های زیرکشت به تولید آن اختصاص یافته­است، مدنظر می­باشد. ازطرفی رشد و عملکرد گیاهان زراعی در بسیاری از مناطق دنیا توسط تنش­های محیطی زنده و غیرزنده متعدد محدود می­گردد. در چنین شرایطی ساده ترین راه استفاده از اراضی شور (انصاری و همکاران، 2001)، شناخت، انتخاب و اصلاح گیاهان زراعی مقاوم به شوری است که در این راستا اصلاح تحمل به شوری توسط محققین زیادی مطالعه شده است (مونز و همکاران، 2008).

برنج از غلات بسیار مغذی و پرمصرف‌ترین غذای دو سوم جمعیت جهان محسوب می­‌شودکه پس از گندم یکی از مهم­ترین محصولات زراعی است و تولید آن بخش قابل توجهی از برنامه تأمین غذایی و خودکفایی