3-5-1-تهیه آب تیمار شده با DEPC 53
3-5-2- تعیین کمیت و كیفیتRNA 54
3-5-3- تیمار DNase 54
3-5-4- توقف تیمار DNase 54
3-5-5- سنتز رشته اول cDNA با بهره گرفتن از RNA استخراج شده 55
3-5-6- تکثیر قطعه مورد نظر با بهره گرفتن از واکنش زنجیرهای پلیمراز 56
3-5-7- اسامی و توالی آغازگرهای مورد استفاده برای بررسی بیان ژن ها 57
3-6- واكنش Real-time RT-PCR (Relative) 57
3-6-1- واكنش Real-time RT-PCRژن های مقاومت و ژن كنترل داخلی 58
3-6-2- روش نرمال سازی نسبی بیان ژن ها 59
3-6-3-آنالیز آماری بیان ژن ها 59
فصل چهارم: نتایج 60
4-1- آزمون های تشخیصی اولیه 61
4-1-1- استفاده از PCR جهت تشخیص Pss 62
4-2- بررسی جمعیت باکتری پس از مایه زنی 62
4-3- استخراج Total RNA از بافت گیاه 64
4-3-1- تعیین کیفیت Total RNA 64
4-3-2- تعیین غلظت Total RNA با بهره گرفتن از نانودراپ 64
4-3-3- تیمار DNase 65
4-3-4- بررسی صحت سنتز cDNA 66
4-5- بررسی بیان ژن ها 66
4-5-1- ژن PR1 67
4-5-2- ژن VSP2 68
4-5-3- ژن PDF1.2 70
4-5-4- ژن LOX2 71
4-5-5- الگوی بیان ژن ها در دو فاز مختلف رویشی و زایشی گیاهان آرابیدوپسیس 73
فصل پنجم: بحث 75
5-1- بحث 76
5-2- بررسی دفاع ذاتی وابسته به هورمون های سالیسیلیک اسید و جاسمونیک اسید 77
5-3- آنالیز مقایسه ای تغییرات بیان ژن ها 79
3-۵-1- بررسی پاسخ ژن PR1 علیه Pss 79
3-۵-2- بررسی پاسخ ژن PDF1.2 علیه Pss 81
5-3-3- بررسی پاسخ ژن LOX2 علیه Pss 82
3-۵-4- بررسی پاسخ ژنVSP2 علیه Pss 83
5-4- تعیین جمعیت باکتری 84
5-5- نتیجه گیری نهایی 85
5-5-1- دو فرضیه احتمالی برای بیان مسیر وابسته به JA بلافاصله بعد از مسیر وابسته به SA 86
پیشنهادات 90
منابع 91
فهرست شکل ها
عنوان صفحه
شکل 3-1- کاشت گیاهان آرابیدوپسیس در سیستم هیدروپونیک 49
شکل 4-1- انجام واکنش HR در گیاه توتون و شمعدانی وآزمایش بیماریزایی در گیاه گوجه فرنگی 61
شکل 4-2- الکتروفورز محصول PCRتشخیصی با بهره گرفتن از جفت آغازگرهای B2 و B1 62
شکل 4-3- بررسی جمعیت باکتری در زمان های نمونه برداری پس از مایه زنی در دو فاز مختلف رویشی و زایشی 63
شکل 4-4- الکتروفورز Total RNA استخراج شده از بافت ها 64
شکل 4-5- طیف جذب نوری Total RNA استخراج شده با بهره گرفتن از نانودراپ 65
شکل 4-6- الکتروفورز محصول PCR بعد از تیمار DNase 65
شکل 4-7- الکتروفورز محصول PCR پس از سنتز cDNA 66
شکل 4-8-تغییرات بیان ژن PR1 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 68
شکل 4-9- تغییرات بیان ژن VSP2 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 69
شکل 4-10-تغییرات بیان ژن PDF1.2 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 71
شکل 4-11-تغییرات بیان ژن LOX2 در دو فاز رویشی و زایشی و تیمار های زمانی 24، 48 و 72 ساعت پس از مایه زنی 72
شکل 4-12- الگوی تغییرات بیان ژن ها در فاز رویشی گیاهان 74
شکل 4-13- الگوی تغییرات بیان ژن ها در فاز زایشی گیاهان 74
فهرست جداول
عنوان صفحه
جدول 3-1- نوع و مقدار مواد لازم برای انجام واکنش 25 میکرولیتری PCR جهت تشخیص Pss 45
این مطلب را هم بخوانید :
جدول 3-2- سیکل دمایی PCR با آغازگرهای B1-B2 برای تشخیص Pss 46
جدول3-3- نوع و مقدار عناصر غذایی محیط کشت هوگلند 48
جدول 3-4- مقادیر و نوع مواد مورد نیاز برای تهیه 100 میلی لیتر بافر CTAB 52
جدول 3-5- نوع و مقدار مواد مورد نیاز برای تیمار DNase 54
جدول 3-6- نوع و مقدار مواد مورد استفاده در سنتز رشته اول cDNA در مرحله اول 55
جدول 3-7- نوع و مقدار مواد مورد استفاده در سنتز رشته اول cDNA در مرحله دوم 55
جدول 3-8- نوع و مقدار مواد لازم برای انجام یک واکنش 20 میکرولیتری PCR 56
جدول 3- 9- سیکل دمایی PCR با آغازگر ef1-α 56
جدول 3-10- اسامی و توالی آغازگرهای مورد استفاده برای بررسی بیان ژن ها 57
جدول 3-11- سیكل دمایی مورد استفاده در واكنش Real-time RT-PCR 58
جدول3-12- نوع و مقدار مواد مورد استفاده در واكنش 20 میکرولیتری Real-time RT-PCR برای ژن های اصلی و كنترلی داخلی 58
جدول 4-1- مقایسه میانگین جمعیت باکتری Pss در دو فاز مختلف زایشی و رویشی 63
جدول 4-2- مقایسه میانگین بیان ژن PR1 67
جدول 4-3- مقایسه میانگین بیان ژن VSP2 68
جدول 4-4- مقایسه میانگین بیان ژن PDF1.2 70
جدول 4-5- مقایسه میانگین بیان ژن LOX2 71
