فهرست شکل ها و جداول:
شکل 1 : نحوه عملکرد کلی FGF و FGFR
شکل 2 : گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاستی نوع 2
شکل 3 : ساختمان کلی RTK و انواع FGFR
شکل 4 : ساختمان اصلی یک اسید آمینه
شکل 5 : ساختمان اول، دوم، سوم و چهارم پروتئین
شکل 6 : دسته بندی گیرنده های تیروزین کینازی
شکل 7 : ساختار فاکتورهای رشد فیبروبلاست
شکل 8 : ساختار کریستالی کمپلکس FGF10–FGFR2b
شکل 9 : ا گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاستی و نواحی فسفریله شدن آن
شکل 10 : برخی از بیماریها و موتاسیون های نقطه ای پاتولوژیک گیرنده ی فاکتور رشد فیبروبلاستی
شکل 11 : مسیر پیام رسانی گیرنده های فاکتور های رشد فیبروبلاستی
شکل 12 : مسیر پیام رسانی Ras/MAPK
شکل 13 : مسیر پیام رسانی PLCy/Ca+2
شکل 14: مسیر پیام رسانی PI3-K/Akt
شکل 15: مسیر سیگنالینگ ROS
شکل 16: پروتئین کیناز فعال کننده میتوژن
شکل 17 : مسیر فسفاتیدیل اینوزیتول-3 کیناز
شکل 18 : فاکتور رونویسی القاء شده 1
این مطلب را هم بخوانید :
شکل 19: مسیر سیگنالینگ NF-kB
شکل 20 : فاکتور هسته ای فعال کننده سلول T
شکل 21: مسیر پیام رسانی AP-1
شکل 22 : عملکرد رسپتور NMDAR و فاکتور نوروتروفیک مشتق از مغز
شکل 23: اثر کادمیوم بر مسیر سیگنالینگ
شکل 24: انواع مسیرهای سیگنالینگ MAPK
شکل 25: اثر نیکل بر مسیر سیگنالینگ
شکل 26: آبشار سیگنالینگ فسفولیپید
شکل 27: ساختار شیمیایی اسیدآمینه های تیروزین ، تریپتوفان و فنیل آلانین
شکل 28: دیاگرام جابلونسکی
شکل 29: دناتوراسیون پروتئین
شکل 30: ساختار شیمیایی اوره و گوانیدین هیدروکلراید
شکل 31: پروتئین های نوترکیب و مزایا
شکل 32: استفاده ازایشریشیاکلی به عنوان یک ارگانیسم میزبان برای تولید پروتئین
شکل 33: توالی ژنی ناحیه کینازی و نقشه شماتیک از پلاسمید pLEICS–01
شکل 34: شمای کلی از روش ترانسفورماسیون
شکل 35: روش انجام SDS–PAGE به منظور بررسی بیان پروتئین
شکل 36: تخلیص پروتئین با بهره گرفتن از ستون کروماتوگرافی میل ترکیبی
شکل 37: اسپکتروفلوریمتری Cary مدل Bio700 (Spectrofluorimetry)
شکل 38: اسپکتروسکوپی CD مدلJasco – J810 Circular dichroism spectroscopy))
شکل 39: اسپکتروسکوپی FTIR مدل (Infrared spectroscopy) Perkin-Elmer Spectrum RXI
شکل 40: بیان ژن ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b در باکتری E.coli در دمای 37 درجه سانتی گراد
شکل 41: بیان ژن ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b در باکتری E.coliدر دمای 20 درجه سانتی گراد
شکل 42: مقایسهی حلالیت ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b در دو دمای20 و 37 درجه سانتی گراد
شکل 43: خالصسازی ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b با بهره گرفتن از ستون کروماتوگرافی میل ترکیبی حاوی Ni²+-NTA
شکل 44: نتایج SDS-PAGE بعد از دیالیز
شکل 45: بررسی عملکرد ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b خالص شده
شکل 46: بررسی اثر سرب، کادمیوم، آلومینیوم و نیکل، بر روی ساختار دوم ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b با بهره گرفتن از دستگاه CD
شکل 47: بررسی تاثیر سرب بر پروتئین مورد نظر در دستگاه FTIR
شکل 48: بررسی ساختار سوم ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b
شکل 49: بررسی اثر دناتوراسیون شیمیایی بر طول موج ماکزیمم نشر فلوئورسنس ذاتی ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b
شکل 50: بررسی اثردناتوراسیون شیمیایی بر شدت نشر فلوئورسنس ذاتی ناحیهی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b
جدول 1: جدول متغیرها
جدول2: خصوصیات فلوئورسنس اسیدآمینه های آروماتیک
جدول 3: رنج نرمال و سمی فلزات سرب، کادمیوم، آلومینیوم و نیکل در مایعات بدن.
فهرست مطالب
فصل اول مقدمه و اهمیت موضوع. 3
1-1- مقدمه 4
1-1-1- فاکتور رشد فیبروبلاستی. 4
1-1-2- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاست.. 4
1-1-3- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاست نوع 2. 5
1-1-4- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاستی تیروزین کینازی.. 6
1-1-5- فعال سازی کینازها از طریق ایجاد موتاسیون. 8
1-2- اهمیت موضوع وضرورت انجام تحقیق. 9
1-3- اهداف طرح 9
1-3-1- هدف اصلی. 9
1-3-2- اهداف فرعی. 9
1-3-3- اهداف کاربردی.. 10
1-3-4- فرضیات.. 10
1-3-5- متغییرها 10
فصل دوم مروری بر متون گذشته. 11
2-1- پروتئین 12
2-1-1- ساختمان پروتئین ها 13
2-1-2- گیرنده های تیروزین کینازی.. 17
2-1-3- فاکتورهای رشد فیبروبلاستی. 18
2-1-4- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاستی. 20
2-1-5- گیرنده های فاکتورهای رشد فیبروبلاستی و اختلالات پاتولوژیکی. 22
2-1-6- مسیر پیام رسانی سلولی فاکتورهای رشد فیبروبلاستی. 25
2-1-7- تنظیم مسیر پیام رسانی فاکتور های رشد فیبروبلاستی. 29
2-2- فلز چیست؟ 31
2-2-1- فلزات سمی. 31
2-2-3- سرب.. 32
2-2-4-کادمیوم 32
2-2-5- نیکل. 33
2-2-6-آلومینیوم 33
2-7- تاثیر فلزات بر مسیرهای سیگنالینگ. 34
2-7-1-ROS. 34
2-7-2- MAPK.. 35
2-7-3- PI3K/Akt 36
2-7-4- HIF. 37
2-7-5- NF-kB.. 38
2-7-6- NFAT. 39
2-7-7- AP. 40
2-8- اثر ترکیبات فلزی بر مسیرهای سیگنالینگ و بیان ژن 41
2-8-1- سرب.. 41
2-8-2- کادمیوم 43
2-8-3- نیکل. 46
2-8-4- آلومینیوم 48
2-9- پیشگویی ساختمان پروتئین ها 50
2-9-1- بررسی ساختار پروتئین ها 50
2-9-2- مطالعه ی ساختاری پروتئین ها 51
2-9-3- تکنیک های مطالعه ی ساختار پروتئین ها 52
2-9-4- تکنیک فلوئورسانس اسپکتروسکوپی. 53
2-9-5- تکنیک دورنگ نمایی حلقوی(CD) 56
2-9-6- تکنیک ها و عوامل دناتوراسیون. 57
2-10- تکنیک های تولید و تخلیص پروتئین های نوترکیب. 60
2-10-1- كاربرد پروتئین های نوتركیب. 60
2-10-2- پروتئین های نوترکیب (Recombinant proteins ) 60
2-10-3- تولید پروتئین های نوترکیب در گیاهان. 63
2-10-4- استفاده ازایشریشیاکلی به عنوان یک ارگانیسم میزبان برای تولید پروتئین. 64
2-10-5- خالص سازی پروتئین های نوترکیب.. 64
فصل سوم مواد و روش ها. 66
3-1- مواد، تجهیزات و متغیر ها ی آزمایش. 67
3-1-1- مواد مورد استفاده در آزمایش.. 67
3-1-2- دستگاه ها و تجهزات مورد استفاده در آزمایش.. 68
3-2- محلول ها و بافرها 69
3-2-1- تهیه ی استوک آمپی سیلین. 69
3-2-2- تهیه ی استوک IPTG.. 70
3-2-3- تهیه ی بافر لیز کننده سلول جهت بررسی حلالیت پروتئین. 70
3-2-4- تهیه ی بافر لیز کننده سلول جهت تخلیص پروتئین. 70
3-2-5- تهیه ی محلول ژل پلی آکریل آمید 4%… 70
3-2-6- تهیه ی محلول ژل پلی آکریل آمید 12%… 71
3-2-7- تهیه ی محلول APS10%… 71
3-2-8- تهیه ی بافر الکترود x10 (Running buffer) 71
3-2-9- تهیه ی بافر نمونه Sample Buffer)) 71
3-2-10- تهیه ی محلول Tris-Hcl 5/0 مولار. 72
3-2-11- تهیه ی محلول Tris-Hcl 5/1 مولار. 72
3-2-12- تهیه ی Staining Buffer 72
3-2-13- تهیه ی Destaining Buffer 73
3-2-14- تهیه ی محلول آکریل آمید- بیس آکریل آمید 73
3-2-15- تهیه بافر SDS. 73
3-2-16- تهیه بافرA (Washing Buffer) 73
3-2-17- تهیه بافر B ( (Eluting Buffer 74
3-2-18- تهیه بافر دیالیز. 74
3-2-19- تهیه استوک گوانیدین هیدروکلراید (GnHCl) 74
3-2-20- تهیه استوک فلزات.. 74
3-2-21- آماده سازی محیط های کشت باکتری.. 74
3-3- روش انجام کار 75
3-3-1- نمایش ساختار پلاسمید نوترکیب pLEICS-01 و توالی ژنی ناحیه تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b. 75
3-3-2- مراحل تولید پروتئین نوترکیب.. 77
3-3-3- تعیین غلظت پروتئین. 83
3-3-4- مطالعات اسپکتروسکوپی فلوئورسانس.. 83
3-3-5- مطالعات اسپکتروسکوپی دورنگ نمایی حلقوی CD)) 85
3-3-6- مطالعات اسپکتروسکوپی FTIR.. 86
3-3-7- مطالعات دناتوراسیون شیمیایی با بهره گرفتن از اسپکتروسکوپی فلوئورسانس.. 87
فصل چهارم یافته ها و نتایج…………………………………………………………………………………………………………………………………. …………………………………………………………………………………………………………………………………. 88
4-1- بررسی بیان پروتئین در دمای 37 درجه سانتی گراد 88
4-2- بررسی بیان پروتئین در دمای20 درجه سانتی گراد 89
4-3- بررسی حلالیت پروتئین بیان شده دردو دمای20 و 37 درجه سانتی گراد 90
4-4- بررسی میزان خلوص پروتئین محلول شده 91
4-5- آنالیز SDS-PAGE بعد از دیالیز 92
4-6- بررسی عملکرد پروتئین خالص شده 93
